Uniwersytet Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie jest uczelnią publiczną. Uniwersytet działa w oparciu o przepisy ustawy z dnia 20 lipca 2018 roku Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 1571 z późn. zm.), a także Statutu Uczelni obowiązującego od dnia 1 października 2019 roku z późniejszymi zmianami. Zwierzchni nadzór nad Uniwersytetem Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie sprawuje Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego.